姓名：阮楚晋，博士后
邮箱：Chujin_ruan@aliyun.com
工作经历：
2022.8-至今：中国农业大学/瑞士联邦水科学与技术研究所 联合博士后
教育经历：
2021.1-2022.1：瑞士联邦水科学与技术研究所，环境微生物系
2018.9-2022.6：中国农业大学，土地科学与技术学院，土壤微生物学
2016.7-2018.6：中国科学院微生物研究所，微生物资源前期开发国家重点实验室，微生物学
2015.9-2016.6：广西师范大学，生命科学学院，微生物学
（其中2015.6-2015.9及2016.3-2016.4 至中国科学院微生物研究所，客座学习）
2011.9-2015.6：景德镇陶瓷大学，材料科学与工程学院，环境工程
简介：阮楚晋研究的课题是土壤物理过程对细菌、真菌以及噬菌体相互作用的影响，目的是去解释环境中微生物群落的共存机制（环境如何维持高水平的微生物多样性）以及微生物的群落功能的发挥。他的研究通常结合微生物显微观测平台和基于个体微生物的计算机模型，以揭示微观尺度土壤水文物理的变化对生物互作和共进化的影响。同时他对微生物资源的获取（菌种资源和基因组资源）、微生物在生态、医学和农业的应用非常感兴趣。
Web: https://www.researchgate.net/profile/Chujin_Ruan
研究方向：
博士期间：揭示细菌、真菌和噬菌体在环境中的“游戏”规则
硕士期间：深海稀有微生物多样性及其菌株和基因组资源获取与评价
论文发表情况：
第一作者发表论文：
吴汉卿, 阮楚晋（共同第一作者）, 韩苗, 王钢. 土壤病毒之奥秘：研究进展、挑战及未来展望. 微生物学报. 2023.[待发表]
Ruan CJ, Borer B, Ramoneda J, Wang G*, Johnson DR*. 2023. Evaporation-induced hydrodynamics control plasmid transfer during surface-associated microbial growth. npj Biofilms and Microbiomes.
Ruan CJ, Ramoneda J, Gogia G, Wang G, Johnson D. Fungal hyphae regulate bacterial diversity and plasmid-mediated functional novelty during range expansion. Current Biology, 2022. 32(24): 5285-5294.
Ruan CJ, Ramoneda J, Chen GW, Johnson DR, Wang G. Evaporation-induced hydrodynamics promote conjugation-mediated plasmid transfer in microbial populations. ISME Communications. 2021. 1: 54.
Ruan CJ, Niu XY, Xiong GZ, Chen GW, Wu HQ, Ma ZC, Zhu K, Liu Y, Wang G. Phenotypic and genotypic characterization of the new Bacillus cereus phage SWEP1. Archives of Virology, 2021.166: 3183-3188.
韩苗，阮楚晋（共同第一作者）, 韩峥，魏芯蕊，刘莹，朱堃，王钢. 空间组织模式—微生物群落组装的“游戏”规则. 微生物学通报. 2022.49(10): 4391-4411.
阮楚晋, 熊广州, 牛欣尧, 陈国炜, 吴汉卿, 马泽超, 朱堃, 刘莹, 王钢. 一个东北农田黑土样品宏病毒组的初步分析. 土壤学报, 2022. 59(5): 1447-1456.
阮楚晋, 郑小伟, 王丽, 王铱, 朱雅新, 王剑, 董志扬, 黄英, 杜文斌, 黄力, 戴欣. 基于流式细胞仪高通量分选的深海微生物单细胞培养. 微生物学报, 2021, 61(3): 1-12.
Ruan CJ, Wang J, Zheng XW, Song L, Zhu YX, Huang Y, Lu ZJ, Du WB, Huang L, Dai X. Halovulum marinum sp. nov., isolated from deep-sea water of the Indian Ocean, and emended description of the genus Halovulum. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70(8):4523-4530.
Wang J, Ruan CJ (Co first Author), Song L, Zhu YX, Li A, Zheng XW, Wang L, Lu ZJ, Huang Y, Du WB, Zhou YG, Huang L, Dai X. Gimesia benthicasp. nov., a novel planctomycete isolated from a deep-sea water sample of the Northwest Indian Ocean. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70(7): 4384-4389.
Ruan CJ, Zheng X, Wang J, Song L, Zhu YX, Du WB, Lu ZJ, Huang Y, Huang L, Dai X. Hyphobacterium indicum sp. nov., isolated from deep seawater, and emended description of the genus Hyphobacterium. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2018, 68(12): 3760-3765.
阮楚晋, 潘丽霏, 刘洁, 刘祎, 肖咪云, 陆祖军. 会仙湿地底泥可培养微生物. 中山大学学报(自然科学版), 2018, 57(01): 21-28.
合作作者发表论文：
Ciccarese D, Micali G, Borer B, Ruan CJ, Or D, Johnson DR. Rare and localized events stabilize microbial community composition and patterns of spatial self-organization in a fluctuating environment. The ISME Journal, 2022, 16, 1453-1463.
Wu HQ, Wan SC, Ruan CJ, Niu XY, Chen GW, Liu Y, Zhu K, Schulin R, Wang G. Phage-bacterium interactions and nutrient availability conspire to shape C and N retention in microbial necromass. European Journal of Soil Science, 2022. 73( 4), e13296.
Wu HQ, Wan SC, Ruan CJ, Wei W, Miao H, Chen GW, Liu Y, Zhu K, Chao L, Wang Gang. Soil microbial necromass: The state-of-the-art, knowledge gaps, and future perspectives. European Journal of Soil Biology, 2022.
吴汉卿, 阮楚晋, 万炜, 李胜龙, 裴丁仪, 韩苗, 陈国炜, 刘莹, 朱堃, 王钢. 基于知识图谱分析的土壤氮循环功能基因研究进展. 土壤学报. 2022.
王燕, 阮楚晋, 谢文琳, 朱堃, 陈国炜，刘莹, 王钢. 微观水分和养分条件对铜绿假单胞菌的噬菌体裂解宿主过程的影响.土壤学报.2022.
肖咪云, 孙孟龙, 阮楚晋, 陈寿昆, 刘裕华, 陆祖军. 生防细菌2016NX1对病原真菌的抑制及发酵条件优化. 广西师范大学学报(自然科学版), 2019, 37(02): 168-178.
肖咪云, 阮楚晋, 陈寿昆, 刘裕华, 陆祖军. 一株产天然蓝色素细菌的分离鉴定. 广西师范大学学报(自然科学版), 2018, 36(04): 131-138.
主持或参与科研项目
项目来源：中国农业大学研究生科研创新基金资助项目（2020TC116）；标题：京郊次生林土壤宏病毒组研究；（负责人）
Swiss National Science Foundation：Spatial self-organization and the fate of plasmids during microbial range expansion（主要参与人）
国家自然基金面上项目(42277298)：土壤噬菌体‑细菌互作模式及其对土壤微生物多样性和群落结构的影响机制研究。（主要参与人）
国家自然基金项目，京津冀典型地区再生水灌溉农田土壤抗生素抗性基因分布特征与演变模式（41877412）。（主要参与人）
项目来源: 中国大洋矿产资源研究开发协会十三五项目（DY135-B-02）；标题：深海稀有微生物多样性及菌种与基因组资源的获取和评价。（主要参与人）
特别资助
全国博士后管理委员会（The Office of China Postdoctoral Council）博士后国际交流派出项目
国家留学基金委（China Scholarship Council）国家建设高水平大学联合培养博士公派研究生项目